Финансовият контрольор е пряко подчинен на председателя на агенцията и осъществява предварителен контрол за законосъобразност съгласно Закона за финансовото управление и контрол в публичния сектор. Финансовият контрольор извършва необходимите проверки и изразява мнение за законосъобразност по отношение на финансовата дейност на агенцията. Редът и начинът за извършване на предварителен контрол от финансовия контрольор се определят с вътрешни актове в съответствие с указанията на министъра на финансите.